برخي شواهد معماري نشان مي‌دهد كه در گذشته آرامگاه خليل‌كر به صورت مجموعه‌اي از چندين فضا بوده است. شماري از اين فضاها در گذشتِ زمان دچار ‌كَست‌اَفزود، زوال يا تخريب شده‌اند. آن‌چه امروزه از اين بنا برجاي مانده عبارت است از فضاي گنبدخانه در جنوب باختري و اتاقي ديگر در شمال خاوري. فضاي ورودي، چهارگوشه‌اي است به مساحت تقريبي ۱۵ متر مربع و شامل چهار تاق‌نما در چهار سو، دو تاقچه در جانب خاوري و باختري، آسمانه‌اي از تاق ‌عرقچين، دو دَروچ (‌روزنه) كوچك در ديواره‌هاي خاوري و باختري.

آرامگاه خليل‌كر، برداشت و ترسيم: نگارنده، ۱٫ ورودي، ۲٫ كفش‌كن، ۳٫ گنبدخانه، ۴٫ بقاياي معماري

تراز كف فضا ۷۵ سانتي‌متر پايين‌تر از فضاي بيروني آرامگاه و هم‌چنين كف بخش گنبدخانه است. در ‌زاويه جنوب باختري اين فضا سنگ‌گوري با حجاري زيبا از دوره‌ی پهلوي (محرم ۱۳۴۳ق./ مرداد ۱۳۰۳خ.) مربوط به فردي از باباهاي (‌جودكي) متولي آرامگاه وجود دارد. فضاي ورودي از طريق درگاه كوچكي به گنبدخانه راه پيدا مي‌كند. هسته‌ی نخستين و كهن‌ترين بخش مجموعه، اين فضاست.
گنبدخانه مربعي است به پهنا و درازاي ميانگين داخلي ۹/۳ متر. دو تاقچه در دوسوي خاوري و باختري و محراب‌گونه‌اي در سمت قبله اين فضا به چشم مي‌خورد. چهار تاق به‌گونه‌ی سكنج در زواياي داخلي فضا و چهار روزن در ديواره‌ها، به شكل همسان قرار گرفته است. بدين ترتيب گنبد‌ آرامگاه بر روي فضاي هشت‌ضلعي ايجاد شده، استوار گشته است. اين گنبد به احتمال از نوع دو پوسته پيوسته، با فاصله‌اي اندك ميان دو گنبد است. ساختمايه آرامگاه از سنگ و آجر و نوعي ملات مقاوم است. در ديواره‌هاي دروني بنا آثار آستري گچي، فاقد هرگونه آرايه وجود دارد. آثار ‌ورودي ‌ديگري در ديواره جنوب خاوري فضاي گنبدخانه به چشم مي‌خورد كه، اكنون مسدود شده است. آثار داغي تاق و دو ديوار تخريبي در ضلع جنوب خاوري، بقاياي اتاقك كوچك پيش‌ورودي در جلوي جبهه شمالي خاوري و جزيياتي ديگر در جنوب باختري بنا بر جاي مانده است. اين فضاها در اثر گذشت زمان از ميان رفته‌اند.

آرامگاه خليل‌كَر، در سمت راست تصوير كوه لَرَهَ، سمت چپ كوه چيل و روستاي باباها ديده مي‌شوند

گورستان تاريخي بزرگي در پيرامون بنا وجود دارد در گذشته اين آرامگاه‌ داراي درب چوبي نفيسي بوده ‌كه دانسته‌هاي سودمندي مانند نام فرد متوفي در آرامگاه، باني‌، هنرمند سازنده و دوره‌ی ساخت بر روي آن نقش بسته بود. متن نوشته‌هاي اين درب به گزارش حميد ايزدپناه از اين قرار است:«بسم الله الرحمن الرحيم، بابا خليل‌اكبر ابن پير احمد، باني: بابا قلندر و بابا ابراهيم‌، ‌عمل بها‌الدين سمناني، سنه سبع و تسمعاه في شهر محرم، در عهد شاه‌رستم ابن شاه‌حسين عباسي«(ايزدپناه، ج ۲: ۱۳۴۲: ۴۲) بر اين اساس درب ورودي بنا در دوره‌ی شاه رستم فرمانرواي نامدار لر (همزمان با ‌دوره صفوي) ‌و ساخت خود بنا به احتمال مربوط به همين دوره است. به فاصله اندكي از ضلع جنوبي آرامگاه چارتاقي آجري كوچكي از دوره پهلوي نخست (سال ۱۳۵۴ق./۱۳۱۴خ.) به درازاي ۹/۱، پهناي ۱/۱ و ‌بلنداي ۴۵/۱ متر برجاي مانده است.
اين چارتاقي كوچك شامل چهار جرز مربع به اندازه ۵/۰ متر، چهار تاق و گنبد كوچكي است؛ بر روي مزار شخصي به نام بانو جانم‌طلا فرزند نجي جودكي (‌از شاخه حيدروند).